يعمل المجمع الكيميائي التونسي بقابس في المجال البيئي على تحقيق جملة من الاهداف تتمثل بالخصوص في تحسين نوعية الهواء من خلال الحد من الانبعاثات الغازية حسب المواصفات الوطنية والعالمية وحماية المحيط البحرى المحاذى للمعامل بتهيئة فضاء جديد لتكديس الفوسفوجيبس وفق المواصفات المعتمدة في مجال المحافظة على البيئة والتاهيل البيئي للمحيط البحرى المحاذى لمعاملة بقابس والمحافظة على الموارد المائية.
وابرز المجمع الكيميائي التونسي بقابس في وثيقة تولى اعدادها انه لتحقيق اهدافه برمج انجاز عدد من المشاريع البيئية الكبرى التى من بينها مشروع غسل غازات الامونيا المنبعثة من وحدتي انتاج سماد الدأب باضافة منظومة غسل نهائي وهو مشروع شرع في انجازه باعتمادات بلغت 16 مليون دينار وينتظر استكمال اشغاله مع بداية سنة 2016 وسيمكن بالخصوص من التقليص من افرازات الامونيا قصد ملاءمتها مع المواصفات العالمية.